A origem dos Conselhos Municipais de Secretarias de Saúde integra a própria história do Sistema Único de Saúde (SUS): essas entidades nascem, justamente, da necessidade de criar mecanismos de pactuação entre os órgãos gestores do SUS, nos diversos fóruns de negociação e considerando as três esferas de governo.
Os primeiros passos dessa história foram dados em 1986, ano da 8ª Conferência Nacional de Saúde – marco do Movimento da Reforma Sanitária e da saúde pública brasileira. Durante o encontro, formou-se, pela primeira vez, a Comissão de Articulação de Municípios – que depois se transformaria no Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde (CONASEMS). Na mesma ocasião, começou a ser gestado o Conselho de Secretarias Municipais de Saúde do Estado do Rio de Janeiro, à época denominado Conselho de Secretários Municipais de Saúde. Leniel Bairral Dias, então secretário municipal de Saúde de Volta Redonda, se destacou como articulador da Comissão Pró-Cosems RJ e Marcos Rodrigues Leão, que era secretário municipal de Saúde de Petrópolis, despontou como liderança da visão municipalista.